L'Atlas II est l'équipe de réserve du Club Atlas, qui évolue dans la Liga de Expansión MX, le deuxième niveau du football mexicain. Fondée en 2020, l'équipe est basée à Guadalajara, dans l'État de Jalisco. L'Atlas II joue ses matchs à domicile à l'Estadio Jalisco, qui est également le stade de l'équipe première de l'Atlas.

En tant qu'équipe de réserve, l'Atlas II sert de tremplin aux jeunes joueurs du Club Atlas pour qu'ils acquièrent de l'expérience au niveau professionnel avant de rejoindre l'équipe première. L'équipe est dirigée par Omar Flores, qui a auparavant entraîné l'équipe des moins de 20 ans de l'Atlas.

L'Atlas II a connu une solide première saison en Liga de Expansión MX, terminant à la cinquième place de la saison régulière et se qualifiant pour les playoffs. L'équipe a été éliminée en quarts de finale par le Celaya FC.

Les joueurs notables de l'Atlas II comprennent le gardien de but José Hernández, le défenseur Jairo Torres et l'attaquant Jonathan Herrera. Ces joueurs ont tous fait partie de l'équipe première de l'Atlas et sont considérés comme de futurs espoirs du football mexicain.