Le Borneo Samarinda est un club de football indonésien basé à Samarinda dans la province de Kalimantan oriental.
Le Pusamania Borneo FC est formé par des anciens supporters du Putra Samarinda qui n'étaient pas satisfaits du manque de réussite de l'équipe. Le , le PT Nahusam Pratama Indonesia a acheté la licence du Perseba Bangkalan. Il intègre la Liga Indonesia Premier Division (deuxieme division) pour la saison 2014.
Après avoir battu le PSGC Ciamis durant une séance des tirs au but lors de la demi-finale de la Premier Division, le club est promu en Super League. Le , le club remporte son premier titre en devenant champion de Premier Division en 2014 après avoir battu le Persiwa Wamena lors d'une victoire 2-1 en finale.