Cusco

Fondé le 16 juillet 2009 sous le nom d'Asociación Civil Real Atlético Garcilaso, il accède en division moins de trois ans plus tard à la faveur de sa victoire lors de la finale de la Copa Perú 2011.

Pour sa première saison en D1, le club déjoue les pronostics et se hisse en finale du championnat, qu'il perd face au Sporting Cristal sur le score de 0-1 tant à l'aller qu'au retour. Bis repetita lors de la saison 2013, lorsque le club dispute à nouveau la finale du championnat, perdue cette fois-ci aux mains de l'Universitario de Deportes : 3-2, 0-3 puis 1-1 (4-5)^tab.

Deux fois finaliste du championnat du Pérou, le Real Garcilaso a l'occasion d'enchaîner deux participations consécutives en Copa Libertadores. En effet, pour sa première participation en 2013, il crée la sensation et avance jusqu'en quarts de finale, avant de succomber contre le club colombien de Santa Fe (1-3, 0-2). Cette réussite lui vaut d'ailleurs d'être considéré par l'IFFHS comme le meilleur club péruvien de l'année civile 2013. En Copa Libertadores 2014, en revanche, il est éliminé dès la phase de groupes.

Deux ans plus tard, il joue la Copa Sudamericana 2016 (2^e tour) avant de retrouver la Copa Libertadores en 2018 (phase de groupes) et 2019 (1^er tour préliminaire).

Le 23 décembre 2019, le Real Garcilaso adopte officiellement le nom de Cusco Fútbol Club. L'année 2020 est marquée par une grande instabilité sur le banc des entraîneurs, puisque le Cusco FC voit passer pas moins de trois techniciens à la tête du club (Javier Arce - parti après une élimination au 1^er tour de la Copa Sudamericana 2020 - Carlos Ramacciotti par deux fois et Francisco Melgar).

La saison 2021 s'avère aussi compliquée et le Cusco FC se sauve à la dernière journée. Néanmoins le 20 janvier 2022, une résolution du Tribunal arbitral du sport (TAS) modifie le classement général du championnat 2021 de sorte que le Cusco FC, qui se voit retirer deux points, est relégué en division. Néanmoins son séjour en division inférieure est de courte durée puisque le club remporte l'édition 2022 du championnat de 2^e division et assure son retour au sein de l'élite à partir de 2023.

Grand artisan de la remontée du club en 1^re division péruvienne, l'entraîneur uruguayen Pablo Peirano est démis de ses fonctions le 18 septembre 2023.