Le FC Tartu Merkuur (estonien : Tartu Merkuur Jalgpalliklubi) est un club de football estonien basé à Tartu. Le club a été fondé en 1923 sous le nom de Tartu Merkúr et joue actuellement en Meistriliiga, la première division du football estonien.
Le Merkuur a remporté six fois le championnat d'Estonie, la dernière fois en 1992. Le club a également remporté la Coupe d'Estonie à sept reprises, la dernière fois en 1998.
Le Merkuur joue ses matchs à domicile au stade de l'université de Tartu, qui peut accueillir 2 500 spectateurs.
Les couleurs du club sont le vert et le blanc.
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